1965 yılında Konya’da doğan Halil İbrahim Seçer, ortaöğrenimini Konya Anadolu Lisesi’nde tamamladı. 1990 yılında Ankara Gülhane Askerî Tıp Fakültesi’nden mezun oldu. Beyin ve sinir cerrahisi ihtisasını 1998 yılında Gülhane Askerî Tıp Akademisi İstanbul Haydarpaşa Eğitim Hastanesi’nde tamamladı.
Meslek hayatı boyunca çeşitli askerî hastanelerde görev yapan Seçer, 2011 yılına kadar Ankara Gülhane Askerî Tıp Akademisi Beyin ve Sinir Cerrahisi Kliniği’nde öğretim üyesi olarak çalıştı.
2011 yılında emekli olduktan sonra Türkiye’de ve Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyeti’nde çeşitli özel üniversite ve hastanelerde görev aldı. 2022 yılından bu yana özel kliniğinde çalışmalarını sürdürmektedir.
İyi derecede İngilizce bilen Prof. Dr. Halil İbrahim Seçer, evli ve iki çocuk babasıdır.